Quy trình hoàn thuế doanh nghiệp: Hướng dẫn chi tiết từ A-Z (2025)

Trong bối cảnh môi trường kinh doanh ngày càng cạnh tranh và pháp lý ngày càng chặt chẽ, việc nắm rõ quy trình hoàn thuế doanh nghiệp không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu dòng tiền mà còn tránh được những rủi ro pháp lý không đáng có. Tuy nhiên, không phải chủ doanh nghiệp hay kế toán nào cũng thực sự hiểu rõ quy trình này hoạt động như thế nào, đặc biệt là khi cơ chế hoàn thuế đang chuyển dịch mạnh sang hình thức điện tử.

Bài viết dưới đây được VNCONNECT tổng hợp dựa trên các văn bản pháp lý mới nhất năm 2025 và kinh nghiệm thực tiễn hỗ trợ hàng trăm doanh nghiệp hoàn thuế thành công.

Giới thiệu về hoàn thuế doanh nghiệp

Hoàn thuế là gì? Vì sao doanh nghiệp được hoàn thuế?

Hoàn thuế là việc Nhà nước hoàn trả lại cho doanh nghiệp khoản thuế đã nộp nhưng không phải nộp theo quy định hoặc được hoàn theo chính sách ưu đãi. Doanh nghiệp có thể được hoàn thuế trong các trường hợp như:

Thuế đầu vào lớn hơn thuế đầu ra trong kỳ (đối với thuế GTGT).
Nộp thừa thuế TNDN hoặc các khoản thuế khác.
Doanh nghiệp thực hiện xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ thuộc diện được hoàn thuế GTGT.

Việc được hoàn thuế giúp doanh nghiệp cải thiện dòng tiền, tăng tính thanh khoản và chủ động hơn trong hoạt động sản xuất kinh doanh.

Các loại thuế có thể hoàn: GTGT, TNDN

Hiện nay, hai loại thuế phổ biến nhất mà doanh nghiệp có thể hoàn là:

Thuế Giá trị gia tăng (GTGT): hoàn trong các trường hợp xuất khẩu, đầu tư, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp.
Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN): hoàn khi nộp thừa hoặc có quyết toán giảm thuế phải nộp so với số đã nộp.

Căn cứ pháp lý hiện hành

Các quy định về hoàn thuế hiện nay được quy định rõ trong các văn bản pháp lý sau:

Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14
Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế
Quyết định 679/QĐ-TCT (2023) của Tổng cục Thuế về quy trình hoàn thuế điện tử

Điều kiện để được hoàn thuế

Doanh nghiệp nào được hoàn thuế?

Không phải mọi doanh nghiệp đều được hoàn thuế. Cơ quan thuế sẽ xem xét dựa trên loại hình doanh nghiệp, lĩnh vực hoạt động và tình trạng tuân thủ nghĩa vụ thuế. Các nhóm doanh nghiệp sau thường có khả năng được hoàn thuế:

Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ có thuế GTGT 0%.
Doanh nghiệp đầu tư mới có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ.
Doanh nghiệp nộp thừa thuế do lỗi kê khai hoặc quyết toán điều chỉnh giảm.

Các tiêu chí cần đáp ứng

Để được hoàn thuế, doanh nghiệp cần đảm bảo:

Không còn nợ thuế, phí và các khoản phạt hành chính khác.
Có hóa đơn, chứng từ đầy đủ, hợp pháp và hợp lệ.
Hồ sơ kê khai thuế nhất quán, không sai lệch dữ liệu đầu vào – đầu ra.
Sử dụng tài khoản ngân hàng đúng tên doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan thuế.

Trường hợp không được hoàn thuế

Một số trường hợp doanh nghiệp sẽ bị từ chối hoàn thuế, bao gồm:

Kê khai sai mục đích sử dụng hóa đơn, kê khai thuế không trung thực.
Không cung cấp đủ hồ sơ, chứng từ theo yêu cầu.
Doanh nghiệp đang trong quá trình thanh tra, kiểm tra hoặc bị xử lý vi phạm hành chính về thuế.

Quy trình hoàn thuế doanh nghiệp qua hệ thống điện tử

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế

Doanh nghiệp cần lập đầy đủ các mẫu biểu và chứng từ theo đúng quy định:

Mẫu 01/HT: Dành cho hoàn thuế GTGT.
Mẫu 02/HT: Dành cho hoàn thuế TNDN.
Bảng kê hóa đơn, chứng từ đầu vào – đầu ra.
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (nếu có liên quan).
Hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan (nếu là hoàn thuế GTGT xuất khẩu).

Bước 2: Nộp hồ sơ hoàn thuế

Doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ qua hai hình thức:

Qua cổng thuế điện tử: https://thuedientu.gdt.gov.vn
Nộp trực tiếp hoặc qua bưu điện: Áp dụng trong một số trường hợp hồ sơ giấy hoặc có yêu cầu bổ sung.

Sau khi nộp, doanh nghiệp sẽ nhận được mã số tiếp nhận hồ sơ và có thể theo dõi tiến trình xử lý trên hệ thống.

Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ

Cơ quan thuế sẽ tiến hành các bước sau:

Kiểm tra tính đầy đủ và hợp lệ của hồ sơ: nếu thiếu, sẽ yêu cầu doanh nghiệp bổ sung trong vòng 3 ngày làm việc.
Xác nhận hồ sơ hợp lệ: cấp thông báo tiếp nhận hồ sơ chính thức để chuyển sang bước thẩm định.

Bước 4: Thẩm định và xác minh hồ sơ hoàn thuế

Tùy từng hồ sơ, cơ quan thuế có thể:

Thực hiện kiểm tra chéo giữa hồ sơ hoàn thuế và dữ liệu khai báo thuế kỳ trước.
Kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp (nếu có nghi vấn).
Liên hệ với đối tác của doanh nghiệp để xác minh giao dịch (trong trường hợp cần thiết).

Bước 5: Ra quyết định hoàn thuế hoặc từ chối

Sau khi thẩm định, cơ quan thuế sẽ ra một trong hai quyết định:

Quyết định hoàn thuế: Ghi rõ số tiền hoàn, thời gian hoàn và hình thức hoàn (thường là chuyển khoản).
Thông báo không chấp nhận hoàn thuế: Lý do từ chối, đề nghị điều chỉnh hoặc cung cấp thêm tài liệu (nếu có).

Trong mọi trường hợp, doanh nghiệp cần lưu trữ thông báo và quyết định để đối chiếu, kiểm toán sau này.

Bước 6: Nhận tiền hoàn thuế qua tài khoản ngân hàng

Doanh nghiệp sẽ nhận được tiền hoàn thuế qua tài khoản ngân hàng đã đăng ký với cơ quan thuế. Quá trình chuyển tiền thường mất từ 1–3 ngày làm việc kể từ ngày có quyết định hoàn.

Thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế

Hoàn trước – kiểm sau: 6 ngày làm việc

Đối với hồ sơ được đánh giá là ít rủi ro, cơ quan thuế áp dụng cơ chế “hoàn trước – kiểm sau”. Thời gian xử lý tối đa là 6 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Kiểm tra trước – hoàn sau: 40–60 ngày làm việc

Với các hồ sơ có yếu tố rủi ro hoặc doanh nghiệp từng vi phạm, cơ quan thuế sẽ kiểm tra trước – hoàn sau. Tổng thời gian xử lý có thể kéo dài đến 40–60 ngày làm việc.

Trường hợp bị chậm: có được tính lãi không?

Theo Luật Quản lý thuế, nếu cơ quan thuế chậm hoàn thuế do lỗi của họ, doanh nghiệp có quyền yêu cầu thanh toán lãi suất chậm trả (tương đương lãi suất trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 1 năm tại thời điểm phát sinh).

Những lưu ý quan trọng khi thực hiện hoàn thuế

Đảm bảo tính hợp lệ, chính xác của hồ sơ

Doanh nghiệp cần thường xuyên rà soát hồ sơ, đặc biệt là:

Hóa đơn GTGT đúng quy định, không bị sai sót, xóa bỏ.
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng rõ ràng, trùng khớp giá trị hợp đồng.
Các báo cáo thuế quý/năm nhất quán và trùng khớp dữ liệu với tờ khai hoàn thuế.

Giao tiếp kịp thời với cơ quan thuế

Việc trả lời nhanh chóng các công văn yêu cầu bổ sung hồ sơ hoặc giải trình từ cơ quan thuế là cách để đẩy nhanh tiến độ xử lý hoàn thuế.

Ghi nhớ thời hạn, tránh bị xử phạt

Nếu doanh nghiệp kê khai sai, không điều chỉnh kịp thời có thể bị:

Phạt hành chính về thuế.
Truy thu số tiền hoàn sai.
Không được áp dụng cơ chế hoàn trước – kiểm sau trong các lần tiếp theo.

Các lỗi thường gặp và cách khắc phục

Sai mẫu biểu, thiếu chứng từ

Giải pháp: Tham khảo đúng biểu mẫu theo Thông tư 80/2021/TT-BTC; kiểm tra lại các phụ lục, bảng kê trước khi nộp.

Không theo dõi phản hồi từ cơ quan thuế

Giải pháp: Thiết lập thông báo email từ hệ thống eTax, kiểm tra hộp thư điện tử doanh nghiệp hàng ngày.

Lỗi kê khai đầu vào – đầu ra không khớp

Giải pháp: Đối chiếu định kỳ báo cáo thuế với sổ kế toán, tránh chênh lệch dữ liệu làm ảnh hưởng đến việc thẩm định hoàn thuế.

Dịch vụ hỗ trợ hoàn thuế trọn gói tại VNCONNECT

Lợi ích khi sử dụng dịch vụ của VNCONNECT

Tiết kiệm thời gian và chi phí nhân sự nội bộ.
Đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật.
Giảm thiểu rủi ro bị từ chối hoàn thuế.

Các bước hỗ trợ từ A-Z

Tư vấn điều kiện và hồ sơ hoàn thuế.
Soát xét dữ liệu đầu vào – đầu ra.
Soạn thảo bộ hồ sơ hoàn chỉnh.
Nộp và theo dõi tiến trình xử lý trên hệ thống eTax.
Đại diện làm việc với cơ quan thuế khi cần giải trình.

Cam kết về hiệu quả và thời gian

VNCONNECT cam kết hỗ trợ doanh nghiệp hoàn thuế đúng tiến độ, đúng quy định, minh bạch và an toàn tuyệt đối.

Câu hỏi thường gặp về hoàn thuế doanh nghiệp (FAQ)

Doanh nghiệp mới thành lập có được hoàn thuế không?

Có, nếu doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và kê khai đầy đủ theo mẫu 01/HT hoặc 02/HT kèm hồ sơ hợp lệ.

Có bắt buộc phải sử dụng chữ ký số khi nộp hoàn thuế?

Có, đối với hình thức nộp hồ sơ điện tử, chữ ký số là bắt buộc để xác thực hồ sơ hợp pháp.

Hồ sơ bị từ chối thì xử lý thế nào?

Doanh nghiệp cần đọc kỹ lý do bị từ chối, bổ sung hoặc điều chỉnh hồ sơ theo hướng dẫn từ cơ quan thuế, sau đó nộp lại.

Có thể tra cứu tiến trình hoàn thuế online không?

Có. Truy cập thuedientu.gdt.gov.vn → Đăng nhập → Mục “Tra cứu hồ sơ hoàn thuế”.

CÔNG TY TNHH TƯ VẤN VÀ DỊCH VỤ KẾ TOÁN VNCONNECT

Tổng kết bài viết

Hoàn thuế doanh nghiệp là một quá trình phức tạp nhưng vô cùng cần thiết để doanh nghiệp quản lý dòng tiền hiệu quả và tuân thủ đúng pháp luật. Việc hiểu rõ quy trình, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, và theo sát các yêu cầu từ cơ quan thuế sẽ giúp doanh nghiệp dễ dàng được hoàn thuế đúng thời hạn.

Để đảm bảo hồ sơ hoàn thuế được xử lý suôn sẻ, hãy để VNCONNECT đồng hành cùng bạn từ khâu tư vấn đến nộp và giải trình với cơ quan thuế.

📞 Liên hệ ngay: Hotline/Zalo 0383303663 – 0975587586 để được tư vấn hoàn thuế trọn gói miễn phí!